自创办以来，少年班不忘初心，坚持按照国家需要和教育规律因材施教，从创办初期的一种“现象级”事件成为一场持久的拓展少年英才教育内涵和外延的实践探索，是拔尖创新人才培养的一个生动样本。
1983年12月28日，杨振宁回国访问，受到邓小平同志的接见。他提到：“我知道中国有个少年班，14-15岁上大学，很聪明，这些人学软件专业，今后将会前途无量”。邓小平表态说：“科大少年班可以搞。”并做出了批示。中国科大及时落实中央领导指示精神，经研究决定于1984年9月5日正式开办少年班计算机软件专业，同学们都称其为“软件班”。

作为少年班开办的第一个特色班，软件班的目的是在理科背景的基础上进行理工结合，培养交叉学科人才。软件班作为独立班级，实行专门定制的5年教学计划，有自己的计算机房，且在校期间一直在少年班集中学习。

同年4月，系级建制的少年班管理委员会获批成立，全面负责少年班的教学、科研、行政和学生管理工作。2008年12月9日，中国科大正式决定将少年班管委会升格为少年班学院。

为进一步推广少年班办学的成功经验，紧密结合国家高等教育的需求，经教育部批准，中国科大在人才选拔上不断革新。少年班学院形成了由少年班、创新试点班和零零班有机构成的英才培养体系，发展成为中国科大本科生荣誉学院。2016年，学院进行教育实践探索，创建交叉学科英才班。从2021级开始，学院实施“一生一方案”培养计划，以期继续发挥宽口径人才培养优势，培育拔尖创新人才。